農業部海洋漁業可持續發展重點實驗室于1996年11月由農業部批準建立，2001年和2004年兩次被農業部評為優秀重點實驗室。2011年作為綜合性重點實驗室，與4個專業性（區域性）重點實驗室、6個科學觀測實驗站共同組建農業部海洋漁業可持續發展學科群。實驗室主要研究方向包括：海洋漁業資源評估與生態系統動力學，海水養殖種質資源與重要性狀遺傳改良，海水養殖病原生態學與環境修復，海水健康養殖技術與碳匯漁業，海洋產物資源與酶工程。

實驗室現有固定人員72人，其中研究員39人，45歲以下中青年人員占52%，有博士和碩士學歷者占73%。研究人員中，有中國工程院院士3名、國家突出貢獻中青年專家3名、農業科研杰出人才8名、國家新世紀百千萬人才工程人選5人、泰山學者特聘專家4名、泰山學者種業計劃專家1人，省部級突出貢獻中青年專家19名，

目前，實驗室擁有海洋漁業資源與生態環境、水產種質資源與健康養殖、海洋產物資源與水產品加工三大科研平臺；建設各類科研辦公用房約14000平方米，中試車間14559平方米；配備儀器、設備約3785臺套，其中原值大于50萬元的大型儀器設備占24%，總資產近1.7億元；已成為我國海洋漁業科學與技術領域人才培養及科研的重要基地