日前，在山東省農(nóng)業(yè)良種工程等項(xiàng)目支持下，黃海水產(chǎn)研究所陳松林研究員團(tuán)隊(duì)、中山大學(xué)林浩然院士團(tuán)隊(duì)和美國(guó)密歇根州立大學(xué)李偉明教授團(tuán)隊(duì)等，聯(lián)合完成了鞍帶石斑魚(yú)（龍膽石斑）的全基因組測(cè)序和基因組圖譜繪制，并解析了其先天性免疫和快速生長(zhǎng)的基因組學(xué)機(jī)制。研究成果于6月22日在國(guó)際重要學(xué)術(shù)刊物《分子生態(tài)資源》（Molecular Ecology Resources）上在線發(fā)表。

石斑魚(yú)是廣泛分布于印度洋-太平洋熱帶和亞熱帶海域的巖礁魚(yú)類(lèi)，也是我國(guó)重要的海水養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)魚(yú)類(lèi)。鞍帶石斑魚(yú)，俗名龍膽石斑、龍躉，是石斑魚(yú)類(lèi)中體型最大、生長(zhǎng)最快的一種石斑魚(yú)，具有抗病力強(qiáng)、生長(zhǎng)快速、味道鮮美等特點(diǎn)，因而廣泛應(yīng)用于石斑魚(yú)雜交育種和良種選育。作為體型最大的肉食性巖礁魚(yú)類(lèi)，鞍帶石斑魚(yú)對(duì)于巖礁生態(tài)系統(tǒng)亦具有重要影響。

研究人員采用二代測(cè)序和HiC三維基因組技術(shù)，構(gòu)建了染色體水平的鞍帶石斑魚(yú)基因組圖譜，結(jié)果顯示鞍帶石斑魚(yú)基因組大小為1.086Gb，含有24718個(gè)蛋白編碼基因。進(jìn)化分析和共線性分析顯示，鞍帶石斑魚(yú)與三棘刺魚(yú)關(guān)系最近，分化時(shí)間距今約1億年，兩者的部分染色體發(fā)生了融合或分裂；與其他魚(yú)類(lèi)基因組的比較基因組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，鞍帶石斑魚(yú)具有較完善的先天免疫系統(tǒng)，其中一些參與先天性免疫的基因家族（如NOD-like家族）發(fā)生了顯著擴(kuò)張，并發(fā)生了顯著的DNA序列變化（正選擇）；同時(shí)，一些激素信號(hào)傳導(dǎo)通路的關(guān)鍵基因亦受到正選擇，可能與其生長(zhǎng)快速的生物學(xué)特征有關(guān)。

鞍帶石斑魚(yú)基因組精細(xì)圖譜的完成，為解析石斑魚(yú)科魚(yú)類(lèi)生長(zhǎng)、抗病等重要經(jīng)濟(jì)性狀的分子機(jī)制奠定了重要基礎(chǔ)；同時(shí)，鞍帶石斑魚(yú)全基因組數(shù)據(jù)也為石斑魚(yú)雜交育種及良種選育技術(shù)的發(fā)展提供了有價(jià)值的基因資源，對(duì)于推動(dòng)石斑魚(yú)產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展具有重要意義。

黃海水產(chǎn)研究所周茜博士為該論文第一作者，黃海水產(chǎn)研究所陳松林研究員、中山大學(xué)林浩然院士和美國(guó)密歇根州立大學(xué)李偉明教授為該論文的通訊作者。該研究獲得了山東省農(nóng)業(yè)良種工程、海洋科學(xué)與技術(shù)試點(diǎn)國(guó)家實(shí)驗(yàn)室（青島）海洋漁業(yè)科學(xué)與食物產(chǎn)出過(guò)程功能實(shí)驗(yàn)室“漁業(yè)科技青年人才”培養(yǎng)計(jì)劃、鰲山人才培養(yǎng)計(jì)劃和泰山學(xué)者攀登計(jì)劃等項(xiàng)目的資助。

鞍帶石斑魚(yú)基因組組裝

全文鏈接：“A chromosome-level genome assembly of thegiant grouper (Epinephelus lanceolatus) provides insights into its innate immunity and rapid growth”

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.13048。