目前，我國魚類養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)中存在病害頻發(fā)、抗病高產(chǎn)良種匱乏等問題，迫切需要建立高效準(zhǔn)確的抗病基因組育種技術(shù)，培育抗病高產(chǎn)優(yōu)良品種。近幾年來，針對基因組選育中缺乏抗病育種基因芯片的現(xiàn)狀，中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所陳松林研究員團(tuán)隊(duì)研制出我國首款魚類抗病育種基因芯片—“魚芯1號”，并基于其基因分型結(jié)果和牙鲆抗病基因組選擇技術(shù)開展了抗細(xì)菌病良種選育。相關(guān)研究成果于近日在中國科技期刊卓越行動(dòng)計(jì)劃——領(lǐng)軍期刊類入選期刊《Engineering》上在線發(fā)表。

研究團(tuán)隊(duì)在前期完成牙鲆全基因組測序、精細(xì)圖譜繪制以及對1099個(gè)牙鲆個(gè)體全基因組重測序的基礎(chǔ)上，自主設(shè)計(jì)位點(diǎn)篩選策略，整合了抗病相關(guān)基因和相關(guān)SNP位點(diǎn)，最終選取在全基因組均勻分布的約50000（50K）個(gè)SNP位點(diǎn)制作基因芯片，保證了基因組育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性；評估并驗(yàn)證了“魚芯1號”芯片的基因分型效果，并應(yīng)用于牙鲆抗細(xì)菌病基因組選擇育種。牙鲆50K “魚芯1號”芯片的研發(fā)，填補(bǔ)了我國魚類抗病育種基因芯片的空白，為基因組選擇技術(shù)在牙鲆良種選育中的應(yīng)用提供了技術(shù)支撐。

牙鲆“魚芯1號”基因芯片SNP位點(diǎn)的最小等位基因頻率（MAF）統(tǒng)計(jì).（a）不同MAF比例；（b）MAF在24條染色體（CHR）上的分布

黃海水產(chǎn)研究所周茜副研究員、陳亞東助理研究員為該論文共同第一作者，陳松林研究員為該論文的通訊作者。該研究獲得了國家自然科學(xué)基金國際（地區(qū)）合作項(xiàng)目、中國水產(chǎn)科學(xué)研究院基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)項(xiàng)目、山東省自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目、鰲山人才培養(yǎng)計(jì)劃和泰山學(xué)者攀登計(jì)劃等項(xiàng)目的資助。

全文鏈接：“Development of a 50K SNP array for Japanese flounder and its application in genomic selection for disease resistance”

https://doi.org/10.1016/j.eng.2020.06.017