“十三五”時期是全面建成小康社會的決勝階段，也是推進海洋強國建設的關鍵時期。國家海洋局南海分局將與全國海洋工作會議提出的五大體系主動銜接：在經濟富海中，加強對海洋經濟的動態監測和評估工作，促進海洋經濟轉型升級；在依法治海中，規范行政權力運行，強化權力運行監督，營造良好的海洋法治氛圍；在生態管海中，構建基于生態系統的海洋綜合管理規劃、制度、評價和試點示范體系；在維權護海中，認真研判、把握時機，積極落實國家在政治、軍事、外交方面的戰略部署；在能力強海中，強化海洋業務化體系建設，提升海洋公共服務能力，包括建立完善海洋生態環境監測評價體系、海島業務化體系、防災減災體系、科研調查保障體系、質量監督體系、海洋文化宣傳體系等。

同時，在國家海洋局確定的“十三五”重點工程中，南海分局將逐項對接：在“藍色海灣”整治工程中，綜合治理重點海灣，整治修復重點小海灣；在“南紅北柳”生態工程中，找準定位、主動作為；在“生態島礁”修復工程中，實施領海基點海島保護工程，開展南海島礁生態保護區建設，完成公益用島示范專項；在“智慧海洋”建設工程中，以岸基、海基、空（天）基組網監測為基礎，構建以珠三角為重點的國家海洋環境實時在線監控系統；在“雪龍探極”科考工程中，積極參與北極新建科考站、南極新建考察站和科考工作；在“蛟龍探海”勘探工程中，加快推進深海采礦試驗工程、探測工程。

2016年作為“十三五”規劃開局之年，南海分局將著力做好幾方面工作：落實法治海洋建設，推進海洋督察工作，將海域和海島管理、海洋環境保護、海洋執法等作為海洋督察核心領域，嚴格執行重大行政執法決定法制審核制度；履行海洋執法責任，推進綜合統一執法，堅決打擊違法行為。加強環境保護，建設海洋生態文明，抓好重點海域污染物總量控制和海洋資源環境承載力監測預警制度試點等工作；加強用海管理，推進節約集約用海，開展南海區海域綜合管理示范區建設。加強維權巡航，堅決捍衛海洋權益，穩妥組織好海上維權執法工作。

抓好海島調查，全面掌握海島動態，探索建立海島生態紅線制度、海島生態補償和生態損害賠償機制，推動公益海島生態試驗基地建設。加強海洋觀測基礎建設，積極推進海洋防災減災能力專項二期建設進度，提升觀測預報能力；改進海洋環境預報產品，做好預警預報，提升公益服務水平。開展科技強局工作，提升協同創新能力，開展新型海洋技術應用研究，拓展21世紀海上絲綢之路沿線海洋綜合調查工作；加強重點實驗室建設，充分發揮國家維權與技術重點實驗室平臺作用。強化管黨治黨，全面落實黨風廉政建設黨委主體責任和紀委監督責任；重視新聞宣傳工作，開展青年文明號創建。做好服務保障，加強安全保密監管，按照船舶保障基地化思路，優化船機綜合保障，建設運行高效基地。優化整合網絡資源，提升信息共享水平，推進辦公自動化，構建分局統一的信息化基礎設施。完成第一次全國海洋經濟調查南海區工作任務，建立完善數據庫，開發運用調查成果，協助編制海洋戰略計劃，促進海洋經濟發展。

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