近日，中國水產科學研究院黃海水產研究所海洋漁業資源分子生態學研究團隊成功破譯了鳀（Engraulis japonicus）染色體水平基因組，成果以“Chromosome-level genome assembly and annotation of Japanese anchovy (Engraulis japonicus)”為題發表在Scientific Data上。這是該團隊在海水魚類資源分子生態研究方向取得的又一重要成果，是基因組學技術在漁業資源生態研究的拓展應用，為深入理解魚類資源對環境適應的分子機制和管理海洋魚類種群提供了科學依據。

鳀是西北太平洋重要的中上層小型魚類，主要分布在我國渤、黃、東海，朝鮮半島沿海以及日本周邊海域。鳀曾是我國黃東海單一物種資源量最大的魚種，20世紀90年代年漁獲量高達百萬噸；鳀也是黃東海食物網關鍵種，其資源興衰直接影響到藍點馬鮫、帶魚等肉食性經濟魚類的餌料供應，在漁業生態系統食物鏈中承擔能量傳遞的“橋梁”作用，具有極高的生態價值和經濟價值。進入新世紀以來，黃東海鳀資源急劇衰退，漁獲物低齡化、小型化現象明顯，群體密度日益下降，目前已難以形成漁汛。不言而喻，鳀資源的可持續利用不僅關系區域漁業經濟，更是維護黃東海生態系統穩定的關鍵所在。該團隊所發布的高質量鳀基因組為進一步挖掘該物種的遺傳資源和研究小型中上層魚類適應性進化以及資源高值化技術奠定數據基礎。

研究團隊采用PacBio HiFi、Hi-C技術和Illumina短讀測序技術，首次構建了鳀的高質量染色體水平基因組。該基因組大小為1467.6Mb，contig N50長度為456.3kb，其中1423.3MB錨定至24條染色體，覆蓋95.2%的組裝序列。BUSCO評估顯示基因組完整性高達94.07%；注釋了780.9Mb（54.9%）重復序列，重復序列中，長散在核元件（LINE）、短散在核元件（SINE）、長末端重復序列（LTR）和衛星DNA序列分別占基因組的6.3%、0.9%、9.1%和2.7%；組裝基因組雜合度高達2.3%；預測了24,405個蛋白編碼基因，其中97.15%的功能基因獲得數據庫注釋，同時預測出23984個非編碼RNA（ncRNAs）；經組裝準確性和連續性驗證，HiFi和Hi-C數據映射率達100%，Merqury QV值為49.74。

論文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-025-04423-z