日前，中國水產科學研究院黃海水產研究所海水魚蝦流行病學與病害防控創新團隊與上海交通大學等單位合作在RNA病毒進化領域取得重要發現，相關研究成果發表在病原學領域國際著名期刊PLoS Pathogens。
正義單鏈RNA病毒（+ssRNA病毒）與負義單鏈RNA病毒（-ssRNA病毒）是自然界中兩類主要的單鏈RNA病毒，它們在基因組結構、轉錄和復制策略上存在顯著差異，因此長期以來被認為在進化上是相互獨立的。本研究從生存在高鹽生態系統的古老甲殼動物鹵蟲中鑒定出一種新的正義單鏈RNA病毒（brine shrimp virga-like virus 1, BSVV1），其基因組分析顯示該病毒包含三個開放閱讀框（ORFs），其中ORF1來源于+ssRNA病毒，而ORF2與-ssRNA病毒同源（圖1和圖2）。該團隊利用質譜分析技術成功鑒定出了BSVV1的三個ORFs蛋白產物，證實了BSVV1的基因組結構（圖3）。科研人員進一步開發了基于TaqMan探針的實時熒光定量（RT-PCR）檢測方法，證實了該病毒在鹵蟲體內的復制能力。
本研究提供了首個正負義單鏈RNA病毒間重組事件的直接證據，為理解RNA病毒基因組多樣性和進化的復雜過程提供了新的見解。
黃海所董宣研究員和碩士研究生張帆為文章的共同第一作者，黃海所黃倢研究員和上海交通大學上海市病毒研究院史衛峰教授為文章的共同通訊作者。該研究得到了悉尼大學Edward C. Holmes教授、比利時根特大學Sorgeloos Patrick教授和Hans Nauwynck教授、天津科技大學亞洲區域鹵蟲參考中心隋麗英教授、中國科學院上海藥物研究所高婧高工和周虎教授、山東第一醫科大學李辭修教授等專家的支持。該研究得到國家重點研發計劃青年科學家項目（2023YFD2402200）、青島市自然科學基金（23-2-1-181-zyyd-jch）、泰山學者計劃、山東省重點研發計劃（2024CXPT071-3）、中國水產科學研究院基本科研業務費（2023TD42）、國家蝦蟹產業技術體系（CARS-48）等項目的資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1013015
圖1.BSVV1的基因組結構圖
（A）映射到BSVV1參考序列上的宏轉錄組測序數據。跨越ORF1和ORF2以及跨越ORF2和ORF3的Reads被突出顯示。
（B）預測的BSVV1全長基因組序列的結構以及三個預測的開放閱讀框（ORFs）和功能基因。
（C）一代測序引物序列分布，其中F23/R23是跨越ORF1、ORF2和ORF3三個區域的引物。
圖2.BSVV1和相關病毒的基因組結構示意圖
圖3.BSVV1的ORF1、ORF2和ORF3蛋白產物的質譜分析結果
（A）ORF1、ORF2和ORF3蛋白產物的一級序列覆蓋圖，鑒定出的肽段用紅色標出。
（B, C）ORF1蛋白產物代表肽段的質譜注釋圖。
（D, E）ORF2蛋白產物代表性肽段的質譜注釋圖。
（F, G）ORF3蛋白產物肽段的質譜注釋圖。
