近日，由中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所紀(jì)曉峰等研究發(fā)明的“基于進(jìn)化耦合分析的電壓-門控鈉離子通道結(jié)構(gòu)模建方法”獲國家發(fā)明專利授權(quán)，專利號：ZL2017111591884。

本發(fā)明屬于結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域。首先通過rosetta的膜蛋白同源模建方法，以真核鈉離子通道NavPaS(PDBid：5X0M)三級結(jié)構(gòu)為模板，初步構(gòu)建組成Nav1.5孔道結(jié)構(gòu)域的四個(gè)亞基結(jié)構(gòu)。然后通過進(jìn)化耦合分析的方法(DCA)，評估結(jié)構(gòu)中實(shí)際和DCA預(yù)測所得的相互作用殘基對之間的重合度；結(jié)合打分函數(shù)，挑選得分和重合度都比較高的結(jié)構(gòu)作為各個(gè)結(jié)構(gòu)域的初始結(jié)構(gòu)。然后將挑選出的四個(gè)亞基結(jié)構(gòu)組裝并進(jìn)行優(yōu)化；從優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)中進(jìn)一步選取界面處重合度和RosettaMP得分都比較高的，以滿足評估條件的結(jié)構(gòu)作為最終結(jié)構(gòu)。

本發(fā)明克服了傳統(tǒng)的結(jié)構(gòu)模建方法沒有充分考慮跨膜區(qū)域信息及模板同源性低、預(yù)測準(zhǔn)確性差的缺點(diǎn)，可靠性高。