近日,由中國水產科學研究院黃海水產研究所紀曉峰等研究發明的“一種電壓-門控鈉離子通道的結構預測方法”獲國家發明專利授權,專利號2017105453919。
本發明公開了一種適用于電壓?門控鈉離子通道的結構預測的方法,具體涉及一種基于模板構建真核電壓?門控鈉離子通道Nav1.5孔道結構域開放態的結構模建方法。首先通過rosetta的膜蛋白同源模建方法,以獲得晶體三極結構的細菌鈉離子通道模板,初步構建組成Nav1.5孔道結構域的四個亞基結構;然后根據各個構建模型的打分情況進行排序,挑選得分最高的結構作為各個結構域的初始結構;然后將構建完成的四個亞基結構分別比對到4CBC的四個亞基上,并對組裝完成的整體結構進行優化;以已有局部麻醉劑類藥物的結構數據和試驗數據為基礎,與優化完的結構進行分子對接,根據已有實驗結果設定篩選和評價策略,確定構建模型的可靠性。