建設(shè)立足海洋經(jīng)濟創(chuàng)新發(fā)展區(qū)域規(guī)劃和國家需求、學(xué)科建設(shè)和漁業(yè)發(fā)展需要，瞄準(zhǔn)海洋經(jīng)濟創(chuàng)新發(fā)展之海洋生物資源綜合利用和質(zhì)量安全的重大科技問題及學(xué)科前沿應(yīng)用基礎(chǔ)研究和行業(yè)發(fā)展關(guān)鍵技術(shù)，著力提升科技協(xié)同創(chuàng)新能力和服務(wù)能力，積蓄前瞻性技術(shù)儲備，加快科技成果的產(chǎn)業(yè)化，成為集應(yīng)用基礎(chǔ)研究、技術(shù)開發(fā)、推廣示范于一體的重要基地。

該工程研究中心的建設(shè)以黃海水產(chǎn)研究所為主要技術(shù)依托，運用國內(nèi)、外先進的工程技術(shù)和生化技術(shù)、現(xiàn)代加工工藝和系統(tǒng)設(shè)計理念，建設(shè)成為山東生物海洋資源加工領(lǐng)域的研發(fā)公共服務(wù)平臺，成為海洋生物制品產(chǎn)業(yè)科技創(chuàng)新、成果轉(zhuǎn)化和加工示范的重要基地和人才培養(yǎng)、國際交流的載體。

工程研究中心根據(jù)我國海洋產(chǎn)業(yè)需求及主要學(xué)科帶頭人的研究方向，分為5個研究方向，分別為：海洋食品精深加工、大宗水產(chǎn)品及副產(chǎn)物綜合利用、海洋生物資源加工質(zhì)量安全控制與風(fēng)險評估、海洋產(chǎn)物資源與生物轉(zhuǎn)化工程、海洋生物清潔生產(chǎn)過程調(diào)控技術(shù)研發(fā)。

1.海洋食品精深加工技術(shù)

主要開展的研究工作根據(jù)產(chǎn)品種類分為兩大方向，海參精深加工技術(shù)開發(fā)及質(zhì)量控制體系建立與經(jīng)濟魚類、貝類高值化加工利用。

2.大宗水產(chǎn)品及副產(chǎn)物綜合利用

主要開展的研究工作包括大宗海洋低值魚類高值化加工技術(shù)、大型海藻資源綜合利用加工技術(shù)和南極磷蝦精深加工技術(shù)的研發(fā)工作。

3.海洋生物資源加工質(zhì)量安全控制與風(fēng)險評估

主要開展的研究工作主要面向我國主要水產(chǎn)加工產(chǎn)品，形成完整的質(zhì)量評價及安全體系，建立引領(lǐng)行業(yè)科學(xué)規(guī)范化發(fā)展的行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)體系和食品安全與質(zhì)量控制平臺。

4.海洋產(chǎn)物資源與生物轉(zhuǎn)化工程

篩選海洋產(chǎn)物資源的新功能，發(fā)現(xiàn)和創(chuàng)造新型生物催化劑、創(chuàng)新藥物和生物制品，完善海洋微生物與酶工程的理論和方法，形成海洋產(chǎn)物資源前期基礎(chǔ)和應(yīng)用研究的合理體系。

5.海洋生物清潔生產(chǎn)過程調(diào)控技術(shù)研發(fā)

以海洋生物清潔生產(chǎn)過程調(diào)控及技術(shù)研發(fā)為主要研究方向，以海洋生物生產(chǎn)過程營養(yǎng)元素的系統(tǒng)流動和生態(tài)影響機制為基礎(chǔ)，開展清潔生產(chǎn)過程養(yǎng)殖環(huán)境優(yōu)化新技術(shù)、新工藝、新產(chǎn)品的研究與開發(fā)；進一步查明養(yǎng)殖系統(tǒng)中主要外源危害因素（微生物、藥物、重金屬等）對養(yǎng)殖動物、微生物群落、理化因子的長期影響及環(huán)境對危害因子的消除作用，建立海洋生物清潔生產(chǎn)過程及產(chǎn)品質(zhì)量安全調(diào)控技術(shù)。